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Dans la cellule, la vie met en jeu une grande diversité de structures, mécanismes et
interactions moléculaires. Je présenterai deux cas d'études différents.
La protéine FepA, présente dans la membrane cellulaire, participe à l'ingestion du fer par
certaines bactéries. FepA contient un réseau d'eau divisé, ramifié et mobile. Nous verrons
comment analyser la topologie complexe et fluctuante de cette protéine, et comment cette
topologie évolue pour préparer le transport du fer.
Dans la cellule, l'ADN interagit constamment avec des protéines qui en assurent l'organisation,
l'intégrité, la lecture, etc. La séquence chimique des bases A,C,G,T le long de la chaîne ADN
n'explique pas toutes les affinités observées. La mécanique et la dynamique du squelette, en
particulier des groupes phosphates, aussi dépendants de la séquence, jouent un rôle important
dans les interactions ADN-protéines. Nous verrons comment cette dynamique module une affinité
spécifique, celle de la protéine E2 du Papillomavirus, et comment elle intervient dans une
interaction non-spécifique, la constitution du nucléosome.

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