Sommaire:

Beaucoup de protéines sont concernées par la formation
d'une interface, temporaire ou permanente, entre plusieurs sous-unités
de la dite protéine, ainsi la compréhension du processus d'assemblage
est un defi majeur de la biologie actuelle.

L'approche que nous developpons depuis 2008 interprète une interface comme
un graphe (au sens de la théorie des graphes).
La topologie du graphe revèle des informations importantes sur
la forme géométrique de l'interface et sur la fonction de chaque acide
aminé participant. En effet, il est important de différentier le rôle
des acides aminés dans la formation et le maintient des interfaces protéiques.

Par des statistiques sur un grand nombre de protéines, nous observons que
la géométrie caractérisée par la présence d'un feuillet beta intermoléculaire
montre des propriétés spécifiques: deux sous-réseaux typiques, une
certaine organisation spatiale du graphe, un emploi différentiel des
acides aminés dans les sous-graphes, et d'autres encore.

Une analyse mathématique de la minimisation symétrique, processus employé
pour interpreter la structure tridimensionnelle de l'interface et la
encoder sous la forme d'un graphe, a montré
que les interactions à l'interface peuvent être classées en niveaux
selon la géometrie locale. Ceci produit une hierarchie de graphes.

Pour plus d'informations, merci de contacter Dorignac J.